Durante el siglo XIX, el paso de las tropas francesas por la provincia dejó numerosas cicatrices, tanto en nuestra geografía física como en nuestro sustrato emocional. Constancia de ello deja la placa emplazada en el interior de la ermita Calvari, cuyo texto en valenciano recuerda los nombres de los 29 vecinos de Sant Joan d’Alacant, asesinados por las tropas napoleónicas el 21 de abril de 1812, durante la Guerra de la Independencia. Aquel episodio también terminó con el saqueo de la edificación y la pérdida de imágenes de gran valor.

Pero la ermita también sufrió su calvario durante la Guerra Civil española. En 1936 fue asaltada, se quemaron sus puertas y desaparecieron los casetones del vía crucis. Afortunadamente, antes del ataque, los propietarios de la ermita rescataron las imágenes del interior, llevándolas a un lugar seguro del cementerio. Una vez terminó la guerra, la ermita fue reparada y se reconstruyeron los casetones.

En la década de los sesenta la ermita atravesó por un periodo de abandono que culminó con un fuerte deterioro del inmueble y la desaparición de los casetones del vía crucis, pero finalmente en el año 2007 el ayuntamiento procedió a su restauración. Durante aquellas obras se encontró un proyectil de plomo que data de la Guerra de la Independencia. Finalmente la ermita se inauguró en 2009. En el año 2012 se colocó la placa en memoria de los santjoaners asesinados por las tropas napoleónicas en 1812.

El conjunto monumental presente en el monte Calvari, con sus ermitas, aljibes, balsas de riego, sus vistas a los hitos geográficos alicantinos, el cementerio y la torre de defensa, constituye uno de los focos de atracción más importantes de Sant Joan d’Alacant.