Durant el segle XIX, el pas de les tropes franceses per la província va deixar nombroses cicatrius, tant en la nostra geografia física com en el nostre substrat emocional. Constància d’això deixa la placa emplaçada a l’interior de l’ermita Calvari, el text en valencià de la qual recorda els noms dels 29 veïns de Sant Joan d’Alacant, assassinats per les tropes napoleòniques el 21 d’abril de 1812, durant la Guerra de la Independència. Aquell episodi també va acabar amb el saqueig de l’edificació i la pèrdua d’imatges de gran valor.

Però l’ermita també va patir el seu calvari durant la Guerra Civil espanyola. En 1936 va ser assaltada, es van cremar les seues portes i van desaparéixer els casetones del viacrucis. Afortunadament, abans de l’atac, els propietaris de l’ermita van rescatar les imatges de l’interior, portant-les a un lloc segur del cementeri. Una vegada va acabar la guerra, l’ermita va ser reparada i es van reconstruir els casetones.

En la dècada dels seixanta l’ermita va travessar per un període d’abandó que va culminar amb una forta deterioració de l’immoble i la desaparició dels casetones del viacrucis, però finalment l’any 2007 l’ajuntament va procedir a la seua restauració. Durant aquelles obres es va trobar un projectil de plom que data de la Guerra de la Independència. Finalment l’ermita es va inaugurar en 2009. L’any 2012 es va col·locar la placa en memòria dels santjoaners assassinats per les tropes napoleòniques en 1812.

El conjunt monumental present en la muntanya Calvari, amb les seues ermites, aljubs, basses de reg, les seues vistes a les fites geogràfiques alacantines, el cementeri i la torre de defensa, constitueix un dels focus d’atracció més importants de Sant Joan d’Alacant.